Ponowne utworzenie metropolii Besarabii w 1992 W kwietniu tego samego roku Święty Synod Rumuńskiego Kościoła Prawosławnego ogłosił, że nigdy nie uznał wymuszonej przez władze radzieckie likwidacji metropolii Besarabii. 19 grudnia 1992 Święty Synod Rumuńskiego Kościoła Prawosławnego potwierdził istnienie metropolii, wyznaczył Kiszyniów na miejsce przebywania jej ordynariusza i zdecydował, że kalendarzem liturgicznym w jej placówkach duszpasterskich będzie kalendarz juliański. Jako locum tenens na jej czele stanął Piotr (Păduraru), dotąd biskup bałcki w jurysdykcji Rosyjskiego Kościoła Prawosławnego..
Od 1992 metropolia Besarabii ubiegała się o rejestrację jako legalnie działający w Mołdawii związek wyznaniowy. Równolegle trwała wymiana listów między patriarchą rumuńskim Teoktystem a patriarchą moskiewskim i całej Rusi Aleksym II. W listopadzie 1993 premier Mołdawii Andrei Sangheli stwierdził, że jedynie Rosyjski Kościół Prawosławny miał prawo do prowadzenia w Mołdawii swoich placówek duszpasterskich. Rumuński Kościół Prawosławny stał na stanowisku, że placówki Patriarchatu Moskiewskiego mogą funkcjonować w Mołdawii, by zaspokajać potrzeby religijne mniejszości rosyjskiej, natomiast dominującą ludnością rumuńskojęzyczną powinni opiekować się duchowni rumuńscy.