Wcześniej, w 1926, w Kiszyniowie otwarte zostały wydział teologiczny, seminarium duchowne, eparchialna szkoła dla dziewcząt, zaś w Izmailu niższa szkoła duchowna dla chłopców.
Likwidacja metropolii Besarabii, restytucja eparchii kiszyniowskiej Rosyjskiego Kościoła Prawosławnego Działalność metropolii Besarabii de facto zamarła po wkroczeniu Armii Czerwonej do Besarabii 28 czerwca 1940. Pod okupacją radziecką cerkwie i monastery należące do administratury były zamykane; zniszczeniu lub dewastacji uległo około 200 obiektów sakralnych. W 1941 w Kiszyniowie ponownie rozpoczęła działalność eparchia uznająca zwierzchność patriarchy moskiewskiego i całej Rusi, zaś eparchie Chocimia i Bałty oraz Białogrodu i Izmailu zostały zlikwidowane. Pierwszym biskupem kiszyniowskim w jurysdykcji Rosyjskiego Kościoła Prawosławnego został w 1941 Aleksy (Siergiejew)АЛЕКСИЙ. Przez cały okres przynależności Mołdawii do ZSRR ordynariuszami eparchii kiszyniowskiej byli Rosjanie.
Po rozpadzie ZSRR Patriarchat Moskiewski najpierw podniósł eparchię kiszyniowską do rangi archieparchii, a następnie, w 1992, przekształcił ją w Mołdawski Kościół Prawosławny, działający na prawach autonomii.