Część naukowców doszła więc do wniosku, że migracje ludności następowały w kilku odrębnych falach, z których najwcześniejsza mogła mieć miejsce już pięćdziesiąt tysięcy lat temu. Większość teorii przyjmuje jednak, że obecni Indianie są potomkami ludzi ze znacznie późniejszych czasów.
W 1986 roku w amerykańskim czasopiśmie Current Anthropology, językoznawca Joseph H. Greenberg dowodził, że migracje ludności na kontynent amerykański odbywały się w trzech falach. Za pomocą metody glottochronologicznej określił w przybliżeniu, kiedy każda z nich miała miejsce. Jego tezę wsparł dowodami stomatologicznymi antropolog Christy Turner, który po przebadaniu dwustu tysięcy indiańskich zębów doszedł do wniosku, że można wśród nich wyróżnić „trzy stomatologiczne typy”. To odpowiadało podziałowi lingwistycznemu Greenberga, lecz przeciwnicy teorii trzech fal uznali, że jest ona bezpodstawna, gdyż nie ma żadnych niepodważalnych dowodów ani lingwistycznych, ani stomatologicznych na jej poparcie. Wszystko zaczęło się zmieniać na początku lat 90., kiedy to zespół amerykańskich badaczy odkrył, że niemal wszyscy Indianie należą do jednej z czterech podstawowych haplogrup. Trzy z nich często występują w Azji, więc zaczęto je łączyć z trzema oddzielnymi falami migracyjnymi.