Z powodu braku wystarczających zasobów ludzkich i materialnych Niemcy starali się sprawować władzę za pośrednictwem lokalnych elit. Podobnie postępowali Belgowie. Rządy kolonialne utrzymały więc przy życiu monarchię oraz pozostałe struktury społeczno-polityczne, które funkcjonowały w Burundi w okresie przedkolonialnym. Klan Bezi utrzymał w swoich rękach władzę monarchiczną. W okresie kolonialnym znacznie wzrosły jednak nierówności społeczne, a wraz z nimi również podziały etniczne (czynnika tego nie należy jednak przeceniać). Niemcy i Belgowie faworyzowali bowiem ganwa oraz Tutsi, powierzając im niższe stanowiska w administracji kolonialnej. Na miejscową ludność nakładano rozmaite obciążenia (praca przymusowa, kontyngenty, podatki itp.), zazwyczaj brutalnie egzekwowane. W rezultacie zwiększyły się występujące jeszcze przed przybyciem Europejczyków antagonizmy pomiędzy rozmaitymi grupami społecznymi i etnicznymi, tj. pomiędzy hodowcami i rolnikami, bogatymi i biednymi, Hutu a Tutsi itp. Ponadto Belgowie wprowadzili dokumenty tożsamości zawierające informacje o przynależności etnicznej (1933). Z drugiej jednak strony Belgowie stosując politykę „dziel i rządź” starali się rozgrywać przeciw sobie przede wszystkim najsilniejsze klany ganwa, mniejsze znaczenie przywiązując do antagonizmów etnicznych.