Początek obecności militarnej Niemiec na terytorium Burundi datowany jest jednak dopiero na rok 1896, kiedy to we wsi Usumbura (Bużumbura, późniejsza stolica kraju), ustanowiony został niemiecki posterunek wojskowy. W 1899 roku terytoria obu królestw weszły w skład nowo utworzonego dystryktu o nazwie Ruanda-Urundi – administrowanego przez wojsko oraz pozostającego częścią Niemieckiej Afryki Wschodniej. Niemieckie rządy w Burundi zakończyła I wojna światowa. W 1916 roku kolonia została zajęta przez wojska belgijskie. Do 1923 roku Ruanda-Urundi pozostawała formalnie pod wojskową okupacją. Później na mocy postanowień traktatu wersalskiego kolonię przekształcono w terytorium mandatowe Ligi Narodów, administrowane przez Belgię. Po zakończeniu II wojny światowej Ruanda-Urundi została przekształcona w terytorium powiernicze ONZ, pozostające nadal pod władzą Belgii.