1 lipca 1939 r. dowództwo okrętu objął Kapitän zur See Gustav Kleikamp, a sam okręt został wyznaczony do złożenia w sierpniu wizyty w Gdańsku na zaproszenie Senatu Wolnego Miasta, której celem było uczczenie pamięci poległych na Bałtyku i pochowanych w Gdańsku w sierpniu 1914 r. marynarzy z krążownika „Magdeburg” (zatopiony przez własną załogę w Zatoce Fińskiej, zginęło kilkunastu marynarzy). Natomiast tajne plany, jakie otrzymał dowódca, przewidywały ostrzelanie polskiej placówki wojskowej na Westerplatte, a po złamaniu jej oporu, udział w działaniach przeciw flocie polskiej. 18 sierpnia „Schleswig-Holstein” opuścił Kilonię i udał się do Zatoki Strand, gdzie pobrał amunicję, po czym 22 sierpnia wyruszył do Świnoujścia. Po krótkim postoju 24 sierpnia o godz. 11:00 wyruszył do Gdańska. O godz. 20:10 na wysokości Ustki nastąpiło spotkanie z 1. Flotyllą Trałowców i na pokład pancernika zaokrętowano marynarzy z kompanii szturmowej Kriegsmarine. Do Gdańska okręt wszedł 25 sierpnia i zacumował przy nabrzeżu w Nowym Porcie, naprzeciw Westerplatte. Następnie pancernik wizytowali Wysoki Komisarz Ligi Narodów w Wolnym Mieście Gdańsku, Carl Burckhardt i Komisarz Generalny RP, Marian Chodacki.