Dopiero w latach 1925–1926 przeprowadzono remont okrętu, połączony z modernizacją. Między innymi, powiększono nadbudówki i przedni maszt palowy zastąpiono grubszym masztem rurowym ze stanowiskiem dalmierza na szczycieSiegfried Breyer: Linienschiffe Schleswig-Holstein und Schlesien. Die „Bügelesisen” der Ostsee, Marine-Arsenal Band 21, Podzun-Pallas, 1992, , s.25 . Zimą 1927/28 ponadto połączono pierwszy komin z drugim, w celu zmniejszenia zadymiania nadbudówki i okręt stał się z trzykominowego dwukominowym.
Okręt ponownie wszedł do służby 1 lutego 1926, stając się okrętem flagowym floty niemieckiej (do 22 września 1935 roku). W kolejnych latach brał udział w ćwiczeniach i odbywał rejsy po wodach północnoeuropejskich i Atlantyku. Na początku 1929 roku służył jako lodołamacz na Bałtyku. 29 października 1929 odniósł uszkodzenia w kolizji z torpedowcem „Leopard” na Bałtyku.
Między styczniem a marcem 1936 „Schleswig-Holstein” został przebudowany w Wilhelmshaven na okręt szkolny dla kadetów. Do wybuchu wojny, od października do wiosny, brał udział w długich rejsach szkolnych: dwukrotnie do Ameryki Południowej i raz do Afryki.
II wojna światowa