Angażował się w działalność wolnomularską na kolejnych stanowiskach w Wielkiej Loży Narodowej Polski, udzielał się w międzynarodowych spotkaniach organizacji wolnomularskich. W lutym 1938 roku został razem z innymi znaczącymi wolnomularzami zaatakowany w Sejmie przez posła Wacława Budzyńskiego, który domagał się postawienia ich w stan oskarżenia pod zarzutem udziału w tajnym związku. Po samorozwiązaniu polskiego wolnomularstwa 26 października 1938 roku nie angażował się już w działalność pozostałych po nim grup.
W październiku 1939 roku został mianowany przez niemieckiego okupanta dyrektorem Zakładu Ubezpieczeń Społecznych, nadzór nad jego działalnością sprawował jednak niemiecki komisarz. Skokowski angażował się w działalność konspiracji związanej z legalnym rządem RP.
Był członkiem loży wolnomularskiej w Warszawie w czasach II RzeczypospolitejLudwik Hass, Ambicje, rachuby, rzeczywistość. Wolnomularstwo w Europie Środkowo-Wschodniej 1905–1928, Warszawa 1984, s. 232..
Zmarł 1 lutego 1943 w Warszawie.
Życie prywatne Zbigniew Skokowski był synem adwokata Wiktora Skokowskiego i Felicji z Boreckich. Był bratem adwokata w procesach politycznych Jerzego oraz Wacława i Kazimiery, jego szwagrem był Tadeusz Radliński.