Dwa lata później utworzono studia doktoranckie w obu dyscyplinach, dla których wydział posiadał uprawnienia – budownictwa i inżynierii środowiska.
W 2007 roku Wydział Inżynierii Lądowej i Środowiska zmienił ponownie strukturę organizacyjną, wskutek odłączenia Instytutu Biotechnologii i Ochrony Środowiska, na którego bazie utworzono w Uniwersytecie Wydział Nauk Biologicznych. W związku z uruchomieniem od roku akademickiego 2008/2009 kształcenia na kierunku architektura i urbanistyka, do Instytutu Budownictwa włączono Zakład Architektury i Urbanistyki. Zakład ten w roku 2013 przekształcono w Katedrę Architektury i Urbanistyki i wyłączono ze składu Instytutu. W związku z prowadzeniem przez Wydział kształcenia na trzech kierunkach i istnienia w jego strukturze trzech jednostek strukturalnych, w roku 2014 postanowiono zmienić jego nazwę na Wydział Budownictwa, Architektury i Inżynierii Środowiska (WBAiIŚ), pod którą funkcjonuje do czasu obecnego.
W 2013 roku wydział uzyskał prawo nadawania stopnia naukowego doktora habilitowanego nauk technicznych w zakresie budownictwa.