W skład Wydziału weszły: Katedra Konstrukcji Budowlanych, Zakład Mechaniki Budowli, Zakład Architektury, Zakład Geodezji i Geotechniki, Zakład Budownictwa Ogólnego, Zakład Technologii i Organizacji Budownictwa, Katedra Wody, Ścieków i Odpadów, Katedra Ochrony Środowiska oraz Katedra Sieci i Instalacji Sanitarnych.
4 lipca 1996 roku Sejm RP nadał Wyższej Szkole Inżynierskiej nazwę Politechnika Zielonogórska. W skład Wydziału weszły wówczas dwa instytuty: Instytut Budownictwa i Instytut Inżynierii Środowiska. W 2001 roku wraz z utworzeniem Uniwersytetu Zielonogórskiego przez połączenie Politechniki Zielonogórskiej z Wyższą Szkołą Pedagogiczną im. Tadeusza Kotarbińskiego, nastąpiła zmiana nazwy Wydziału na Wydział Inżynierii Lądowej i Środowiska (WILiŚ). Dotychczasową strukturę organizacyjną Wydziału uzupełniono o Instytut Biotechnologii i Ochrony Środowiska. W 2004 roku wydział uzyskał uprawnienia do nadawania stopnia naukowego doktora nauk technicznych w dyscyplinie inżynieria środowiska.