Wpadł on jednak w zasadzkę i doszło do masakry konwoju medycznego Hadassa (zginęło 79 osób, w tym lekarze, pielęgniarki, pacjenci i pracownicy naukowi). W konsekwencji, na początku maja 1948 roku brytyjscy żołnierze przeprowadzili ewakuację 700 pacjentów i personelu medycznego. Na miejscu pozostawiono niewielki personel i około 50 miejsc szpitalnych. Gdy 14 maja 1948 roku wybuchła I wojna izraelsko-arabska, sytuacja w całym obszarze bardzo się pogorszyła. Pod koniec maja Szpital Hadassa zupełnie zawiesił działalność. Nie docierały do niego żadne dostawy, ale na miejscu wciąż pozostawała niewielka liczba lekarzy i studentów. W dniu 7 lipca 1948 roku, na dzień przed końcem pierwszego rozejmu, dowódcy wojskowi Sił Obronnych Izraela zawarli porozumienie z dowództwem Legionu Arabskiego w sprawie demilitaryzacji Góry Skopus. Nad całością obszaru opiekę roztoczyła Organizacja Narodów Zjednoczonych, zezwalając na obecność 84 izraelskich i 46 jordańskich policjantów. Niniejsza umowa pozostała w mocy do końca wojny i została potwierdzona przez zawarty w kwietniu 1949 roku rozejm izraelsko-jordański. Określał on, że teren Szpitala Hadassa i Uniwersytetu Hebrajskiego będzie stanowić zdemilitaryzowaną enklawę izraelską. Nadzór nad jej bezpieczeństwem sprawowały międzynarodowe siły UNTSO. Wschodnia Jerozolima stała się częścią Jordanii.