Helmut Knochen został wzięty do niewoli przez U.S. Army, w czerwcu 1946 Brytyjski Trybunał Wojskowy skazał Knochena na karę śmierci za dokonanie zabójstwa na zestrzelonych i wziętych do niewoli lotnikach brytyjskich. Wyrok nie został jednak wykonany, gdyż Knochena przekazano w 1947 władzom francuskim, celem osądzenia go za zbrodnie popełnione w tym państwie. Został on ponownie skazany na karę śmierci w 1954, którą zmieniono na dożywocie a w 1958 ograniczono do 20 lat pozbawienia wolności połączonych z ciężkimi robotami. W 1962, krótko przed podpisaniem francusko-niemieckiego traktatu o współpracy, Prezydent Francji Charles de Gaulle ułaskawił Knochena, który został zwolniony z więzienia i powrócił do Niemiec.
Resztę życia spędził w Badenii, gdzie pracował jako agent ubezpieczeniowy. Utrzymywał, że nie wiedział nic o zabójstwach francuskich Żydów. Nie stawił się mimo wezwania jako świadek w 1987 w procesie SS-Hstuf Modesta von Korffe z powodu złego stanu zdrowia, mimo że całe dnie spędzał na grze w golfaBernahrd Brunner: Der Frankreich-Komplex. Die nationalsozialistischen Verbrechen in Frankreich und die Justiz der Bundesrepublik Deutschland, Göttingen 2004, S. 372.