W maju 1942 został powołany na nowo utworzone stanowisko Dowódcy Sipo-SD na Francję (w listopadzie tego samego roku jego wpływy objęły także dotąd nieokupowaną południową część kraju), podlegał bezpośrednio Wyższemu Dowódcy SS i Policji we Francji SS-Brif Carlowi Obergowi. Stał się jednocześnie współodpowiedzialnym za wszystkie zbrodnie hitlerowskich organów bezpieczeństwa w całej Francji. Razem z Obergiem został aresztowany 20 lipca 1944 przez spiskowców dowodzonych przez gen. Carl-Heinricha von Stülpnagela i gen-por. Hansa von Boineburg-Lengsfelda (zostali wypuszczeni tego samego dnia). 18 sierpnia 1944 siły bezpieczeństwa opuściły Paryż wycofując się do Vittel. Knochen został wezwany do Głównego Urzędu Bezpieczeństwa Rzeszy w Berlinie gdzie SS-Ogruf Ernst Kaltenbrunner poinformował go o degradacji i wysłał na front jako grenadiera 1 Dywizji Pancernej SS „Leibstandarte Adolf Hitler”.