W wyniku inwazji rewolucyjnej Francji na Włochy w 1796 w wielu okręgach Państwa Kościelnego zaczęły wybuchać rewolty przeciwko rządom papieskim. Rewolta taka wybuchła także w Faenzy, a wyłonione w jej wyniku władze w lipcu 1797 zlikwidowały miejscowy trybunał inkwizycyjny wraz z konwentem dominikańskimFrancesco Lanzoni: La controriforma nella città e diocesi di Faenza. Faenza: 1925, s. 158-159..
Po zakończeniu epoki napoleońskiej i przywróceniu Państwa Kościelnego przez Kongres wiedeński w 1815 Faenza powróciła pod władzę papieską. W grudniu 1824 papież Leon XII zadecydował o wznowieniu działalności inkwizycji. Krok ten spotkał się z oporem mieszkańców. W 1838 Kongregacja Rzymskiej i Powszechnej Inkwizycji, obawiając się rewolty, nakazała inkwizytorowi zniszczenie akt procesowych, aby nie wpadły w ręce rewolucjonistów.
W 1859 Faenza wraz z całą Romanią została zajęta i anektowana przez Królestwo Sardynii. Nowe władze w listopadzie 1859 ostatecznie zniosły inkwizycję.