Deutscher, s. 29.. Skąpo zachowane źródła wskazują jednak, że na przełomie XVI i XVII wieku główną rolę w zwalczaniu odstępstw doktrynalnych w diecezji Novary odgrywał nie trybunał inkwizycyjny, lecz sąd biskupi, zwłaszcza w okresie pontyfikatu Carlo Bascape (1593–1615)Deutscher, s. 28-30..
W 1738 Novara przeszła pod władzę dynastii sabaudzkiej. Odmiennie niż w przypadku większości pozostałych trybunałów piemonckich, rząd Księstwa Sabaudii-Piemontu nie doprowadził do faktycznej redukcji rangi trybunału w Novarze, zezwalając na mianowanie inkwizytorów aż do końca istnienia trybunału (pozostałym piemonckim trybunałom, na skutek konsekwentnego wetowania nominacji inkwizytorskich przez władze, przewodniczyli wikariusze generalni)Del Col, s. 707-711..
Trybunał inkwizycyjny w Novarze został zniesiony po raz pierwszy 28 stycznia 1799 przez marionetkowy rząd tymczasowy, utworzony przez wojska rewolucyjnej Francji po zajęciu Piemontu kilka tygodni wcześniej. Niedługo potem jednak, w maju 1799, Francuzi zostali wyparci przez Austriaków i Rosjan, którzy przywrócili władzę króla Karola Emanuela IV. 28 lipca 1799 rząd monarchiczny wydał dekret o przywróceniu inkwizycji. Restauracja monarchii trwała jednak krótko.