W wyniku powrotu Jeremiaha Gottwalda i jego mocy anulowania Geass, Shirley odzyskuje wspomnienia o Zero. Aby uniknąć upublicznienia tożsamości Leloucha, Rolo zabija Shirley. Wkrótce potem Lelouch zostaje przeniesiony do innego wymiaru o nazwie Miecz Akashy, gdzie spotyka się ze swoim ojcem. W wyniku tego zajścia C.C. traci pamięć, natomiast Zakon Czarnych Rycerzy proponuje na arenie międzynarodowej utworzenie Federacji Narodów Zjednoczonych, by wypowiedzieć wojnę przeciwko Imperium Brytyjskiemu. Niebawem wywiązuje się druga bitwa o Tokio, podczas której, pod wpływem Geass, Suzaku używa broni taktycznej, doprowadzając do śmierci wielu ludzi. Następnie, podczas tymczasowego zawieszenia broni, książę Schneizel ujawnia tożsamość Zero członkom Zakonu Czarnych Rycerzy co powoduje, że wszyscy z wyjątkiem C.C. i Rolo odwracają się od Leloucha (Rolo, ratując przybranego brata, sam traci życie). Zero i Suzaku, niezależnie od siebie, udają się na Wyspę Bogów, by przedostać się do Miecza Akashy i spotkać się z Imperatorem. Lelouch poznaje prawdę o śmierci matki, która zginęła, lecz dzięki Geass jej dusza została przeniesiona do innego ciała. Następnie Zero zabija ojca, a miesiąc później sam zostaje 99. Imperatorem, zmuszając dzięki mocy Geass poddanych do posłuszeństwa.