Wywołuje to kolejny zryw Japończyków i Zakonu Czarnych Rycerzy, natomiast Nunnaly zostaje uprowadzona na Wyspę Bogów. Dochodzi tam do konfrontacji pomiędzy Zero a Suzaku, podczas której tożsamość Leloucha zostaje odkryta.

W rok po wydarzeniach z pierwszego sezonu, Lelouch nadal jest studentem Akademii Ashford, jednak ma wymazane wspomnienia, natomiast większość Zakonu Czarnych Rycerzy zostaje uwięziona. Gdy znajduje się w sytuacji zagrożenia życia C.C. przywraca mu wspomnienia i moc Geass. Orientuje się wówczas, że ma fałszywego brata, Rolo, który został podstawiony przez Imperatora. Kallen, która była świadkiem konfrontacji pomiędzy Lelouchem i Suzaku, zmienia swoje nastawienie do Zero na bardziej romantyczne. Wkrótce potem Nunnally zostaje mianowana gubernatorem „Strefy 11” i ogłasza reaktywowanie Specjalnej Strefy Administracyjnej Japonii. Zero, ku zaskoczeniu Zakonu Czarnych Rycerzy, zgadza się na propozycję przyłączenia się do planu Nunnally, pod warunkiem, że władze brytyjskie pozwolą mu odejść. Wykorzystując podstęp, Zero udaje się uwolnić wszystkich członków Zakonu i przetransportować ich na wyspę sojuszniczej Chińskiej Federacji.