W 1898 roku klasztor został całkowicie zniszczony przez pożar. W okresie kilku lat został odbudowany i następnie - aby zwiększyć obecność sōtō w tym rejonie - w 1911 roku przeniesiony do Tsurumi w Jokohamie. W pierwotnym miejscu w Noto wybudowano Sōji-ji soin - "ojcowski Sōji-ji", który w 2007 roku ucierpiał w czasie trzęsienia ziemi w tym regionie.
Obecnie klasztor składa się z dwunastu dużych budynków i zajmuje powierzchnię prawie 50 000 metrów kwadratowych. Praktykuje w nim 200 mnichów i nowicjuszy. Klasztor posiada także akademię Sōji Gakuen, w której uczniowie studiują buddyjskie nauki. W skład akademii wchodzą przedszkole, szkoła podstawowa, średnia i uniwersytet. Klasztor posiada także szpital.
Opaci Za pierwszego opata Sōji-ji uważany jest tradycyjnie Keizan Jōkin. Drugim opatem został Gasan Jōseki. Po jego śmierci dziesiątego miesiąca 1366 roku Sōji-ji w dalszym ciągu nie miało systemu gładkiej sukcesji opatów. Jego uczniowie mogli służyć jako opaci Yōkō-ji i nigdy nie powrócić do macierzystego klasztoru (jak np. Mutō Esū) lub też ustanowić własny klasztor niezależny zarówno od Sōji-ji jak i Yōkō-ji (jak zrobił np. Gennō Shinshō). Początkowo nie było to zagrożeniem dla Sōji-ji, gdyż inni uczniowie Gasana z chęcią obejmowali stanowisko opata zanim zakładali swoje własne klasztory. Np.