Sōji-ji już w XVI wieku posiadał największą sieć afiliacyjną więc jego opaci proklamowali go głównym klasztorem szkoły sōtō. To powodowało jego konflikt z klasztorem Eihei. W 1589 roku dwór cesarski oficjalnie ogłosił, że Sōji-ji jest głównym klasztorem szkoły sōtō. Przedtem tytuł ten był przyznawany Eihei-ji. Sprawą tą zajął się również siogunat, który w 1615 roku uznał oba klasztory za główne i wydał dwa osobne kodeksy reguł (jap. hatto) dla każdego z nich. Walka między tymi klasztorami trwała przez cały okres Edo i we wszystkich sprawach, zarówno błahych jak i najważniejszych, oba klasztory zajmowały zawsze przeciwne stanowiskaWilliam M. Bodiford. Sōtō Zen in Medieval Japan. Str. 81, 82.
Dopiero w okresie Meiji (1868-1912) doprowadzono do formalnego rozejmu. W 1872 roku uzgodniono, aby wszelkie sporne sprawy były rozwiązywane w zgodzie z "sentencjami patriarchy założyciela Dōgena i aspiracjami późniejszego nauczyciela Keizana" (shūso Dōgen no kakun to senshi Keizan no sokai). W 1877 roku po raz pierwszy uroczystości upamiętniające Keizana zostały włączone do corocznych ceremonii we wszystkich klasztorach i świątyniach sōtō. Do tego czasu jedynym japońskim patriarchą wspólnym dla wszystkich frakcji szkoły sōto był Dōgen.