W tym samym roku al-Kudsi po raz kolejny uzyskał mandat deputowanego parlamentarnego, a następnie został przewodniczącym parlamentu. Przedstawiane przez niego idee unii Syrii z Irakiem nie były już jednak odbierane tak pozytywnie, jak przez kilkoma laty. W syryjskim społeczeństwie znacznie popularniejsza była koncepcja połączenia kraju z naserowskim Egiptem. Al-Kudsi przedstawiał skrajnie odmienny program, wzywając do przystąpienia państwa do Paktu Bagdadzkiego i zdecydowanego związania się ze Stanami Zjednoczonymi przeciwko ZSRR. 12 października 1957 al-Kudsi zrezygnował z piastowanego stanowiska, przekazując je jednemu z przywódców syryjskich socjalistów Akramowi al-Hauraniemu. Głosował przeciwko utworzeniu Zjednoczonej Republiki Arabskiej, a gdy do unii egipsko-syryjskiej jednak doszło, wycofał się z życia politycznego i spędził kolejne trzy lata w rodzinnym Aleppo, nie prowadząc działalności publicznej.
1961-1963 Po zerwaniu unii syryjsko-egipskiej, co nastąpiło we wrześniu 1961, al-Kudsi z powodzeniem wystartował w nowych wyborach parlamentarnych. W grudniu tego samego roku zwyciężył w wyborach prezydenckich.