Od grudnia 1949 kluczowy wpływ na politykę Syrii wywierał gen. Adib asz-Sziszakli, który dokonał w tym miesiącu zamachu stanu. Gdy w końcu tego samego miesiąca prezydent Haszim al-Atasi powierzył al-Kudsiemu misję tworzenia rządu, asz-Sziszakli i inni wojskowi wymusił na nim zmianę decyzji. Ostatecznie 4 czerwca 1950 Nazim al-Kudsi utworzył jednak gabinet, do którego powołał bliskiego współpracownika asz-Sziszaklego gen. Fauziego as-Silu. Wojskowi uniemożliwili kontynuowanie rozmów syryjsko-irackich, co skłoniło al-Kudsiego do rezygnacji w marcu 1951. W październiku 1951 były premier został przewodniczącym syryjskiego parlamentu, jednak już w kolejnym miesiącu asz-Sziszakli przeprowadził drugi zamach stanu, po którym pełnię władzy przejęło wojsko. Al-Kudsi ponownie został uwięziony, a następnie przeniesiony do aresztu domowego. Był jednak w stanie wziąć udział w tworzeniu opozycji przeciwko rządom oficerów, która w 1954 zdołała obalić asz-Sziszaklego.