Znaleziono tu 211 gatunków korali (inne źródła mówią o 184 gatunkach w obrębie 42 rodzajów), 49 gatunków mięczaków i 172 szkarłupni, 389 gatunków ryb. Występują tu m.in. homary Panulirus cygnus i jadalne strzykwy.
Wyspy są jednym z najważniejszych miejsc lęgowych w Australii – około 2 milionów ptaków spośród 35 gatunków gniazduje tu rocznie. Na wyspach występują m.in. rybołówki: brunatna i cienkodzioba, rybitwy, m.in. rybitwa różowa, a także burzyk mały, czy przepiórnik śniady.
Houtman Abrolhos są najbardziej wysuniętym na północ terenem występowania uchatki australijskiej.
Nazwa Archipelag nazwany został na cześć holenderskiego żeglarza Fryderyka de Houtmana – odkrywcy wysp w 1619 roku.
Pod koniec 1618 roku Holenderska Kompania Wschodnioindyjska (hol. Vereenigde Oostindische Compagnie (VOC)) powierzyła Fryderykowi de Houtmanowi dowództwo wyprawy do Indii Wschodnich, w której uczestniczyło 11 statków. Flota rozproszyła się przed osiągnięciem Przylądka Dobrej Nadziei – dwa statki Dordrecht (kapitan: Fryderyk de Houtman) i Amsterdam (kapitan: Jakub d’Edel) popłynęły w dalszą drogę na Jawę razem. W 1617 władze holenderskie wydały instrukcje dla żeglujących do Indii Wschodnich, by od Przylądka Dobrej Nadziei płynęli na wschód wzdłuż 38°S równoleżnika, korzystając ze stałych wiatrów zachodnich – ryczących czterdziestek.