Regularnie występował natomiast w lidze meksykańskiej do lat dwudziestu; w jesiennym sezonie Apertura 2014, będąc podstawowym defensorem swojej ekipy, zdobył z młodzieżową drużyną Chivas mistrzostwo Meksyku w tej kategorii wiekowej. W grudniu 2014 powrócił do Cruz Azul, jednak poinformowano go, iż nie będzie brany pod uwagę przy ustalaniu kadry na kolejny sezon i wiosną 2015 nie został zgłoszony do żadnych rozgrywek. On sam określił półroczny okres przerwy w karierze jako „spory cios i lekcję życia we wszystkich aspektach”.
W czerwcu 2015 Flores udał się na wypożyczenie do zespołu CF Pachuca.
Kariera reprezentacyjna Występy w młodzieżowych kadrach narodowych Flores rozpoczynał już jako trzynastolatek. W czerwcu 2011 został powołany przez szkoleniowca Raúla Gutiérreza do reprezentacji Meksyku U-17 na Mistrzostwa Świata U-17 w Meksyku. Jego drużyna, pełniąca wówczas rolę gospodarza, zdobyła wówczas tytuł mistrza świata, zaś on sam był podporą linii defensywnej, współtworząc ją z Jorge Caballero, Carlosem Guzmánem i Antonio Briseño. Mając niepodważalne miejsce w wyjściowym składzie, rozegrał na prawej obronie wszystkie siedem meczów od pierwszej minuty i dał się poznać jako ofensywnie grający defensor, dobrze kryjący rywali.