Począwszy od sierpnia kilkakrotnie znajdował się w kadrze meczowej, jednak w pierwszym zespole zadebiutował dopiero 31 marca 2012 w wygranym 3:1 spotkaniu z San Luis w meksykańskiej Primera División, zmieniając w 84. minucie Gerardo Floresa. Po raz pierwszy w wyjściowym składzie pojawił się natomiast trzy dni później w zremisowanym 1:1 meczu z wenezuelskim Deportivo Táchira w ramach fazy grupowej rozgrywek Copa Libertadores. W wiosennym sezonie Clausura 2013 wywalczył z Cruz Azul tytuł wicemistrza Meksyku i zdobył krajowy puchar (Copa MX), lecz jego wkład w te sukcesy był znikomy – we wszystkich rozgrywkach wystąpił w zaledwie dwóch spotkaniach, regularnie pojawiając się natomiast na boiskach w lidze meksykańskiej do lat dwudziestu.
W grudniu 2013 roku ogłoszono, że Flores od nowego roku wraz ze swoim byłym kolegą z młodzieżowej reprezentacji Julio Gómezem zostanie wypożyczony do zespołu Chivas de Guadalajara. Tam występował przez rok, nie notując jednak żadnego występu w lidze meksykańskiej; jedyny raz w pierwszej drużynie Chivas pojawił się na boisku 15 stycznia 2014 w zremisowanym 1:1 spotkaniu krajowego pucharu z Universidadem de Guadalajara, zmieniając w 61. minucie Carlosa Villanuevę.