Wielu członków tej grupy etnicznej w obawie przed spodziewanymi represjami uciekło zawczasu na terytorium sąsiedniej Rwandy. 10 maja 1988 bp. Bernard Bududira, ordynariusz diecezji Bururi, wystosował list otwarty, w którym wymieniał rozmaite przejawy dyskryminacji na tle etnicznym, wskazując jednocześnie, iż „za każdym razem, gdy spotyka się grupa Hutu, są oni podejrzewani o spiskowanie”. Biskup wezwał także rząd, aby przestał traktować kwestię antagonizmów etnicznych jako tabu i rozpoczął na ten temat zasadniczą debatę. Ów ostry w tonie list był znakiem zmiany zachowawczej dotąd polityki burundyjskiego episkopatu, a jego znaczenie podnosił fakt, iż bp. Bududira był z pochodzenia Tutsi.
Masakry w Ntega i Marangara Napięcie polityczne, które ogarnęło Burundi w 1988 roku, było szczególnie odczuwalne w gminie Marangara w prowincji Ngozi oraz w sąsiadującej z nią gminie Ntega w prowincji Kirundo. Obie gminy leżały w północnej części kraju, przy granicy z Rwandą. Obok opisanych wcześniej przyczyn o charakterze ogólnokrajowym, na wzrost antagonizmów etnicznych w tym regionie nałożyło się również wiele czynników o znaczeniu lokalnym: po zwycięskiej rewolucji Hutu w Rwandzie na terenach północnych prowincji Burundi osiedliło się wielu uchodźców Tutsi. Większość z nich traktowała miejscowych Hutu ze szczególną wrogością i pogardą.