W grudniu 1900, będąc poważnie chorym, riasoforny mnich Paweł został dopuszczony do złożenia ślubów wieczystych i przyjął imię zakonne Warsonofiusz na cześć św. Warsonofiusza Wielkiego. 29 grudnia tego samego roku został wyświęcony na hierodiakona, zaś 1 stycznia 1903 – na hieromnicha. W tym samym roku powierzono mu obowiązki pomocnika przełożonego skitu oraz spowiednika pielgrzymów przybywających do skitu św. Jana Chrzciciela, żyjących w nim mnichów oraz mniszek monasteru w Szamordinie.
W 1904 został kapelanem armii rosyjskiej na froncie wojny rosyjsko-japońskiej. Za swoje zaangażowanie otrzymał w 1904 krzyż napierśny. Do skitu św. Jana Chrzciciela wrócił 1 listopada 1905. W roku następnym został p.o. przełożonego skitu, zaś w 1907 otrzymał godność ihumena, po czym został przełożonym monasteru, a tym samym kolejnym, po Józefie, z duchowej dynastii starców optyńskich. Podobnie jak poprzedni starcy optyńscy, cieszył się ogromnym autorytetem i popularnością wśród wiernych, również wśród rosyjskiej inteligencji. Przypisywano mu dar odgadywania grzechów penitentów jeszcze przed spowiedzią oraz uzdrawiania siłą modlitwy.