II wojna światowa Po wkroczeniu jesienią 1939 do miasta Armii Czerwonej władze radzieckie dokonały reorganizacji szkolnictwa wyższego dostosowując je do modelu obowiązującego w ZSRR. Wydział Lekarski został wydzielony ze struktur Uniwersytetu Lwowskiego i stał się samodzielną uczelnią noszącą nazwę Państwowy Instytut Medyczny. Rektorem został Ołeksandr Makarczenko, uczelnia prowadziła dwa wydziały – opieki zdrowotnej i farmaceutyczny. W tym samym roku powołano do życia medyczną bibliotekę naukową. Po wkroczeniu do Lwowa wojsk niemieckich pod koniec czerwca 1941 rozpoczęła się eksterminacja polskiej inteligencji, na początku lipca miał miejsce mord profesorów lwowskich na Wzgórzach Wuleckich w południowej części miasta. W grupie rozstrzelanych znaleźli się wówczas Tadeusz Ostrowski, Władysław Dobrzaniecki, Stanisław Progulski, Jan Grek, Roman Rencki, Włodzimierz Sieradzki, Adam Sołowij, Stanisław Mączewski, Witold Nowicki, Antoni Cieszyński i Jerzy Grzędzielski. Podczas okupacji hitlelrowskiej zginęli również Bolesław Jałowy, Andrij Łastowecki i Adolf Beck.