Askia wyraził na to zgodę, rok później złamał jednak słowo pod naciskiem dowódców wojskowych. Argumentowali, iż boją się donosów o spiskowanie z Benkanem przy każdym pobycie w Timbuktu. W reakcji na to Askia kazał aresztować brata – ten do końca rządów Mohammeda II przetrzymywany był w Kanatu.
Mohammed Benkan nie był jedynym bratem, z którym Askia El-Hadż musiał się liczyć. Już na samym początku jego urzędowania dworzanie radzili mu aresztować część rodzeństwa. Bracia przekonali jednak Askię o swojej lojalności, co z kolei spowodowało wygnanie części doradców. Na buntowniczy nastrój wpływała bezczynność armii spowodowana chorobą Askii – jedyną jego wyprawą wojenną była pacyfikacja regionu Wagadu w 1583 roku, jego dowódcy zajęli się także buntem zarządcy ludu Fulbe. Rebelię przeciw władcy podniósł następca Benkana na stanowisku Kurmina-fari – El-Hadż ben Daud. Wyruszył on z Tendrimu w lutym lub marcu 1584 roku, do Gao przybył 16 marca. Askia był przekonany, iż nie uda mu się utrzymać władzy, pomogły mu jednak konflikty pomiędzy wspierającymi buntownika braćmi, do których należeli Mohammed Gao i Nuh. Ostatecznie El-Hadż został aresztowany i postawiony przed Askią. Mohammed zaczął oskarżać buntownika o zdradę, spotkał się jednak z wyrzutami ze strony Fari-mondo al-Mustafy o to, że sam stwarza sytuacje sprzyjające rebeliom.