Poza murem rozlokowano ponad 20 innych pawilonów o różnym przeznaczeniu.
Oto ważniejsze budynki klasztoru: Sanmon – główna brama z 1589 roku Butsuden (pawilon Buddy) Hattō (pawilon Dharmy) Hōjō (siedziba opata) Yokushitsu (łaźnia) Kyōzō (biblioteka sutr)
Dla uczczenia Ikkyū Sōjuna wybudowano w pobliżu klasztoru świątynię Shinju-an. Tradycyjnie wierzy się, że została zaprojektowana przez Muratę Jukō (1423-1502). Słynny jest kamienny ogród (karesansui) w tej świątyni.
Daisen-in, wybudowana w 1509 roku zawiera najstarszy przykład tokonomy (rodzaj wnęki, alkowy), wysoko cenione drzwi rozsuwane (fusuma) oraz przykład skalnego ogrodu.
Ryōgen-in z kolei ma aż pięć różnych ogrodów znajdujących się z każdej jej strony. Największy z nich jest pokryty żużlem (symbol uniwersum), z którego wyrastają skały (wyspy), Największa z wysp pokryta jest mchem, z którego wystają dwie skały. Reprezentuje ona żółwia i żurawia symbolizujące długowieczność i zdrowie.
Kōtō-in została wybudowana w 1601 roku przez Tadaokiego Hosokawę, pełnego sukcesów dowódcę wojsk trzech władców-„zjednoczycieli” (Nobunaga Oda, Hideyoshi Toyotomi i Ieyasu Tokugawa), który został tu pochowany wraz ze swoją żoną (Gracią Hosokawą). Również w Kōtō-in znajduje się grób twórczyni teatru kabuki, Izumo no Okuni.