81, 82..
W 1615 roku siogunat rozpoczął pierwszy etap podporządkowywania sobie buddyzmu i wydał dekret dotyczący zwłaszcza Daitoku-ji i Myōshin-ji, gdyż miały specjalne, dobre relacje z dworem cesarskim. Od tej pory opaci tych klasztorów musieli praktykować zen przez co najmniej 30 lat i musieli także opanować 1700 kōanów. Ograniczono także nadawanie purpurowych szat przez cesarza opatom tych klasztorówHeinrich Dumoulin. Zen Buddhism: a History. Japan. s. 277.. Takuan walczył o poprawę statusu tych klasztorów i w 1641 roku odniósł zwycięstwo.
W XIX wieku opatem klasztoru był Gisan Zenrai (zm. 1877), który był wybierany na to stanowisko dwukrotnie.
Architektura świątyni i jej obiekty Jak wszystkie świątynie japońskie, wzorowane na chińskich, tak i Daitoku-ji zbudowana została wzdłuż osi północ-południe, ze wszystkimi budynkami skierowanymi frontem w stronę południową. Jednak główne pawilony nie znajdują się pośrodku terenu świątynnego, lecz po stronie wschodniej od centralnej osi. Obecnie obszar ten zajmuje 23 hektarów. Siedem budynków głównego założenia było otoczonych murem.