Poza nauką w szkole, uczestniczył w skautingu, wycieczkach wokół Lampeter i zajęciach Air Training Corps, w czasie których latał na Tiger Moth i bombowcu Avro Lancaster.
1946–1953 W roku szkolnym 1945/1946 Wycliffe College ponownie działał w Stonehouse, we własnej siedzibie. Jeffrey Harborne ukończył szkołę w tymże roku. Miała ona profil artystyczny, jednak na końcowym świadectwie wymieniono fizykę, matematykę, chemię i geografię (chemii uczył były pracownik badawczego laboratorium Boots UK w Nottingham). Otrzymując Open Entrance Scholarship do Bristol University na studia w zakresie architektury lub chemii, Harborne wybrał kierunek chemia, a na trzecim roku studiów – specjalność „biologia chemiczna”. Jego mistrzem został Wilson Baker, profesor chemii organicznej, współpracownik Roberta Robinsona (laureata Nagrody Nobla w dziedzinie chemii w roku 1947 za badania nad alkaloidami), który obudził w nim zainteresowania biologicznymi aspektami chemii (w tym roślinnymi fenolami). Brał czynny udział w akademickim życiu sportowym i artystycznym (grał na klarnecie w uniwersyteckiej orkiestrze).