Zastosowanie w identyfikacji płci Różnice w wariantach genu amelogeniny (odpowiednio AMELX i AMELY) pomiędzy chromosomem X a chromosomem Y pozwalają na użycie genu do identyfikacji płci w nieznanych próbkach ludzkich. Intron 1 genu AMELX wykazuje delecję 6 pz w stosunku do intronu 1 genu AMELY. Delecja ta może być wykryta przy użyciu łańcuchowej reakcji polimerazy intronu 1 i następnie elektroforezy żelowej otrzymanego produktu reakcji. Dwa prążki DNA jeden o długości 106 pz, drugi 112 pz wskazuje na dwa warianty genu AMELX i AMELY (próbka pochodzi od mężczyzny), natomiast jeden prążek o długości 106 pz wskazuje na obecność wyłącznie wariantu genu AMELX (próbka pochodzi od kobiety).
Jednakże, ze względu na zmienność osobniczą oraz populacyjną genu AMELY, ta metoda identyfikacji płci nie wykazuje 100% dokładności. Mutacje w obrębie regionu intronu 1 genu AMELY, zazwyczaj używanego jako miejsce przyłączania primera mogą uniemożliwić amplifikację łańcuchowej reakcji polimerazy. Delecja 6 pz w intronie 1 genu AMELY powoduje, że amplikon ma identyczną długość jak amplikon genu AMELX. U niektórych mężczyzn gen AMELY może ulec całkowitej delecji. W obydwu przypadkach w wyniku elektroforezy żelowej otrzymamy jeden prążek, co będzie skutkować nieprawidłową identyfikacją materiału jako próbki pochodzącej od kobiety.