Po dojściu do wieku szkolnego Apollonios rozpoczął naukę u Eutydemosa w Tarsie, z powodu jednak rozwiązłości tamtejszej młodzieży przeniósł się do Ajgaj. Tam zapoznał się z naukami perypatetyków, stoików, epikurejczyków i pitagorejczyków. Upodobał sobie szczególnie naukę tych ostatnich i po ukończeniu szesnastego roku życia postanowił żyć jak Pitagoras. Nie jadł odtąd mięsa, a tylko warzywa i suszone owoce, zaczął chodzić boso i przyodziewać się w szaty lniane. Filostrat podaje, że przebywając w Ajgaj uleczył pewnego młodzieńca żyjącego zbyt rozwiąźle i powstrzymał kapłanów od przyjęcia ofiary od człowieka, który współżył z córką swej żony.
W wieku dwudziestu lat pochował ojca, a majątek rozdzielił pomiędzy siebie i brata. Gdy brat, żyjąc hulaszczo, roztrwonił swoją część, przekazał mu własną i łagodną namową skłonił do zmiany trybu życia. Sam nigdy nie obcował z kobietami ani się nie ożenił. Po tych wydarzeniach na pięć lat zamilkł. Spędził je w Pamfilii i Cylicji. Z ludźmi kontaktował się przez gesty i pismo. Pewnego razu uspokoił wzburzony z powodu głodu tłum, nakazując bogaczom podzielić się z potrzebującymi swoimi zapasami. W Antiochii doprowadził do odnowienia kultu w świątyni Apollina. Przez jakiś czas nauczał tam, najpierw odpowiadając na pytania, a potem wygłaszając mowy.