Po odzyskaniu niepodległości w 1963 roku powstawały rodzime kościoły, przyjechało także wielu zagranicznych misjonarzy. W 1967 roku amerykański zielonoświątkowiec Dale Brown założył Kenya Assemblies of God, które w 1972 roku połączyły się ze Zborami Bożymi USA. Badanie z początku lat 90. XX wieku wykazało, że Zbory Boże są najszybciej rozwijającym się wyznaniem w stolicy kraju – Nairobi, z roczną stopą wzrostu 38%.
W 1970 roku Joe Kayo utworzył Deliverance Church of Kenya, rdzenny kościół, który przyciągał miejską młodzież. Deliverance Church stał się członkiem Evangelical Fellowship of Kenya, organizacji utworzonej w 1976 roku, zrzeszającej większość kościołów zielonoświątkowych i charyzmatycznych.
W latach 70. i 80. liczba kościołów zielonoświątkowych w Nairobi podwoiła się. Na skutek działalności zagranicznych kaznodziejów stał się powszechny teleewangelizm i teologia dobrobytu. Na początku 2006 roku amerykański kaznodzieja zielonoświątkowy T.D. Jakes zgromadził prawie milion ludzi w parku Uhuru w Nairobi. W 2003 r. protestanci stanowili około 63%, a katolicy 26% ludności Kenii.