W latach 30. XX wieku powstały liczne miejscowe kościoły, w tym Niezależny Afrykański Kościół Zielonoświątkowy. Przebudzenie Wschodnioafrykańskie, wywodzące się z Rwandy, w 1937 roku dotarło do Kenii, przyciągając wielu protestantów do ewangelikalnego i charyzmatycznego chrześcijaństwa.
W 1942 roku zielonoświątkowy ewangelista David Zakayo Kivuli, po zerwaniu ze Zborami Zielonoświątkowymi Kanady, założył African Israel Church Nineveh. W tym czasie pojawiły się dwie znaczące denominacje zielonoświątkowe: Evangelical Fellowship of Africa, założony przez misjonarzy amerykańskich w 1944 roku i Kościół Pełnej Ewangelii w Kenii, założony przez fińskich misjonarzy w 1949 roku.
W roku 1955 misję rozpoczynają Norwegowie, a w 1960 – Szwedzi. W wyniku fuzji tych misji powstaje później Wolne Stowarzyszenie Zielonoświątkowe w Kenii.
W 1957 roku amerykański ewangelista T.L. Osborn przeprowadził na wybrzeżu kenijskim kampanię ewangelizacyjną. Osborn kładł nacisk na uzdrowienie, z drugiej zaś strony zwalczał czary.