Podczas rządów Allende był duży rozdźwięk pomiędzy stanowiskiem przywódców zielonoświątkowych, którzy byli zorientowani na prawo, a stanowiskiem zwykłych wiernych, którzy mieli sympatie lewicowe.
Początkowo zielonoświątkowcy byli mniej konserwatywni niż nie-zielonoświątkowcy z tych samych klas społecznych. To się zmieniło w czasach rządów wojskowej junty.
1975 roku dyktator Pinochet był na otwarciu Jotabeche Catedral w Santiago. Jest to największy zbór Metodystycznego Kościoła Zielonoświątkowego, liczy około 80 tysięcy wiernych. Kilka miesięcy wcześniej pastor Vásquez ogłosił w ogólnokrajowym dzienniku poparcie dla dyktatora. Vásquez był zwierzchnikiem Metodystycznego Kościoła Zielonoświątkowego w latach 1982-2003. Również i inni liderzy tego kościoła wyrażali swe poparcie dla reżimu. Z drugiej strony Kościół Zielonoświątkowy w Chile był wielokrotnie represjonowany przez reżim Pinocheta. Młodzi działacze zielonoświątkowi byli torturowani, a niektórzy z nich ponieśli śmierć. Również Zielonoświątkowy Kościół Misyjny nie udzielał poparcia Pinochetowi. Opór stawiali przede wszystkim ci zielonoświątkowcy, którzy współpracowali ze Światową Radą Kościołów.