Po upublicznieniu rozpoznania, w Lhasie po raz kolejny wybuchły niepokoje. Wywołali je mongolscy pielgrzymi, domagający się praw do opieki nad następcą IV Dalajlamy. Młody kandydat musiał uchodzić z miasta i dopiero rok później, po zażegnaniu nowego zagrożenia, został intronizowany w klasztorze Ganden.
Patron i jego kapłan Rok 1620 zapoczątkowywał okres intensywnych zmian na polityczno-militarnej mapie Tybetu. Rejon jeziora Kuku-nor (tybetański rejon Amdo, dzisiejszy Qinghai) najechało plemię Choszutów z grupy Orjatów, czyli Mongołów Zachodnich. Osłabiało to tym samym Mongołów Wschodnich (spośród których wywodził się poprzednik Lobsanga Gjaco IV Dalajlama) zapewniających gelugpom ochronę w skonfliktowanym Tybecie.
W 1637 przywódca Choszutów Gusri-chan samemu będąc buddystą odbył pielgrzymkę do Lhasy, gdzie spotkał się z młodym dalajlamą. Zgodnie z tradycją spotkanie zrobiło na nim tak duże wrażenie, że zaoferował gelugpom swój patronat i opiekę. W zamian nadano mu tytuł „Strażnika Nauk i Króla Dharmy” (Tenzin Czökji Gjelpo).