Pojednanie nastąpiło dopiero w 1674, wcześniej jednak wiele z klasztorów karma kagyu i pozostałych szkół zostało zamienionych na klasztory linii gelug, a protestujący uwięzieni. Brutalnie rozprawiono się również z opozycją wewnętrzną. Jej przywódca Dragpa Gjalcen, ważny lama klasztoru Drepung i były kontrkandydat Lobsanga Gjaco do schedy po IV Dalajlamie (rozpoznania inkarnacji dokonuje się najczęściej spośród kilku kandydatów) został znaleziony martwy (1654).
W 1662 w wieku 93 lat zmarł Panczen Rinpocze (panczenlama) Lobsang Czokji Gjalcen, drugi co do ważności reinkarnujący lama tradycji gelug. Natychmiast zorganizowano poszukiwania jego następcy, którego odnaleziono w 1667 w arystokratycznej rodzinie Dru (jednej z pięciu tradycji rodzimej religii Bön). Wydarzenie to miało najprawdopodobniej charakter pojednawczy i oznaczało zmianę dotychczasowej, dosyć bezwzględnej polityki religijnej dworu V Dalajlamy. Obce wierzenia mogły się jednak w tym czasie rozwijać w Tybecie bez przeszkód.