Po rozformowaniu Lubuskiej Brygady WOP, 1 listopada 1989 strażnica została włączona w struktury Łużyckiej Brygady WOP w Lubaniu Śląskim i tak funkcjonowała do 15 maja 1991.
Straż Graniczna: Po rozwiązaniu w 1991 Wojsk Ochrony Pogranicza, strażnica w Polanowicach weszła w podporządkowanie Lubuskiego Oddziału Straży Granicznej i przyjęła nazwę Strażnica Straży Granicznej w Polanowicach (Strażnica SG w Polanowicach).
W wyniku realizacji kolejnego etapu zmian organizacyjnych w Straży Granicznej, w 2002 Strażnica SG w Polanowicach była kategorii IZarządzenie Komendanta Głównego Straży Granicznej nr 3 z 11.01.2002..
W 2000 rozpoczęła się reorganizacja struktur Straży Granicznej związana z przygotowaniem Polski do wstąpienia, do Unii Europejskiej i przystąpieniem do Traktatu z Schengen. W wyniku tego, 2 stycznia 2003 nastąpiło zniesie Strażnicy SG w StrzegowieZarządzenie nr 058 Komendanta Głównego Straży Granicznej z dnia 13.12.2002 zmieniające zarządzenie w sprawie organizacji wchodzących w skład Straży Granicznej komend, strażnic, granicznych placówek kontrolnych, dywizjonów, pododdziałów odwodowych oraz ośrodków szkolenia w ramach III etapu realizacji programu dostosowania Straży Granicznej do standardów Schengen, polegającą na włączeniu wytypowanych strażnic w struktury gpk.