W 1804 roku wyburzono znajdujący się przy kościele karner, a w 1810 roku zamknięto przykościelny cmentarz.
Rozwój miasta Höchst am Main spowodował, że kościół stał się w końcu XIX wieku zbyt mały, zbudowano zatem w pobliżu ukończony w 1908 roku kościół św. Józefa. W latach 1930–1932 przeprowadzono szeroko zakrojoną renowację kościoła, usuwając większość barokowych oraz historyzujących przeróbek. Jednocześnie wyburzono mur cmentarza i wydrukowano jego teren. W 1985 roku badania podwaliny więźby dachowej metodą dendrochronologiczną potwierdziły ustalony dotychczas jedynie historiograficznie i na podstawie cech stylistycznych detalu karoliński rodowód kościoła. Od 2007 roku pozbawiony ogrzewania kościół św. Justyna jest kościołem filialnym parafii św. Józefa, w okresie letnim odbywają się w nim nabożeństwa. Jednocześnie trwa stopniowa renowacja dachu i zawilgoconych ścian.