Pierwsze przesłuchanie wyznaczono na 16 lipca 1910 roku, ale Saunière się na nim nie pojawił, więc przesunięto je na 23 lipca. Ponieważ duchowny nie przybył i na tę rozprawę, werdykt wydano zaocznie i skazano go na miesiąc zawieszenia oraz zwrot pieniędzy, które zarobił na sprzedaży mszy. Drugie przesłuchanie zaplanowano na 23 sierpnia, lecz ksiądz ponownie się na nim nie stawił, więc przesunięto je na 5 listopada. Tym razem był już obecny, więc postanowiono, że albo opuści dom księży albo uda się do dowolnie wybranego przez siebie klasztoru, gdzie przez dziesięć dni będzie poddawał się ćwiczeniom duchowym, jako karę za handel mszami. Saunière postanowił, że pokutę odbędzie w klasztorze w Prouille.
17 grudnia 1910 r. wystosował bezskuteczną prośbę do Watykanu o przywrócenie go na stanowisko proboszcza Rennes-le-Château. W 1911 r. biskup wysłał mu upomnienie o zakazie udzielania sakramentów. Ponieważ formalny zakaz mu nie wystarczał, zażądał od niego księgi rachunkowej i powołał komisję, która miała sprawdzić jego finanse.