Najczęściej wykorzystywane rozkłady to rozkład Poissona, lokalny Poissona, warunkowy dwumianowy, t-Studenta oraz ukryte modele Markowa. Jeżeli brak jest próby kontrolnej, tło modeluje się za pomocą jednego z wymienionych wyżej rozkładów prawdopodobieństwa, czasem estymując jego parametry z próby ChIP. znajdowanie pików istotnych statystycznie i filtrowanie artefaktów. Za pik istotny statystycznie można uznać taki, którego wysokość istotnie różni się od wysokości sygnału w przyjętym rozkładzie tła. przypisywanie wartości znalezionym pikom. Wartość powinna odzwierciedlać wiarygodność piku, czyli prawdopodobieństwo, że jest to pik istotny statystycznie, nie artefakt wynikły z niedoskonałości metody.
W przypadku sekwencjonowania oligonukleotydów z jednej strony istotnym elementem analizy jest wzięcie pod uwagę specyficznego rozkładu tagów na obu niciach DNA. Ponieważ oligonukleotydy są sekwencjonowane z końca 5′ i często nie są sekwencjonowane w całości, można oczekiwać, że na nici sensowej rozkład tagów będzie nieznacznie przesunięty względem faktycznego rozkładu uzyskanego w wyniku immunoprecypitacji oligonukleotydów w kierunku 5′;