Dalsza analiza Wynikiem metody jest bardzo duża liczba krótkich odczytów (rzędu kilku–kilkunastu milionów), które należy zmapować na genom referencyjny przy użyciu przystosowanego do tego narzędzia, na przykład bowtie. Zmapowane odczyty nazywa się „tagami”. Ponieważ zarówno procedura ChIP, jak i sekwencjonowanie nie są idealne i skutkują wieloma błędami, potrzebna jest złożona analiza bioinformatyczna, by zdefiniować fragmenty, w których nasycenie tagami można uznać za istotne statystycznie. Analiza składa się z kilku kroków: ustalenie profilu sygnału. Większość programów stosuje metodę przesuwanego okna (sliding window), polegającą na przechodzeniu przez genom oknem o ustalonej szerokości i zliczaniu występujących w nim tagów. By uniknąć anomalii na brzegach okien, niektóre programy stosują dodatkowo jądrowy estymator gęstości w celu ujednolicenia profilu sygnału. określenie tła. Jeżeli dostępna jest próba kontrolna, możliwe są dwie metody: bezpośrednia i z użyciem rozkładu prawdopodobieństwa. Metoda bezpośrednia zakłada odjęcie sygnału zaobserwowanego w próbie kontrolnej od sygnału w próbie ChIP, jest jednak niezalecana. Druga metoda zakłada wykorzystanie pewnego rozkładu prawdopodobieństwa do opisania rozkładu tagów na niciach, estymując jego parametry z próby kontrolnej.