Rok później przeniósł się na Politechnikę Śląską do Gliwic, równocześnie podjął pracę na Politechnice Wrocławskiej jako kierownik Katedry Technologii Przemysłów Rolnych na Wydziale Chemii Technicznej gdzie organizował działalność dydaktyczną i naukową oraz pełnił funkcję dziekana Wydziału Chemii Technicznej. W 1949 Rada Wydziału Rolniczego Uniwersytetu Jagiellońskiego powierzyła mu prowadzenie wykładów z technologii rolnej a następnie powołała go na stanowisko kierownika Katedry Chemii Ogólnej. W 1953 zostaje powołany na stanowisko kierownika Katedry Technologii Rolnej a później dyrektora Instytutu Chemii Ogólnej i Technologii Rolnej.
Pełnił funkcje prodziekana Wydziału Rolnego Uniwersytetu Jagiellońskiego w latach 1951–1952, dziekana Wydziału Rolniczego Wyższej Szkoły Rolniczej w latach 1962–1963 oraz prorektora ds. nauczania tej uczelni (1964).
Franciszek Nowotny był bardzo aktywny w krakowskim i ogólnopolskim środowisku naukowym: członek prezydium Komitetu Technologii i Chemii Żywności PAN, członek Komisji Nauk Rolniczych i Leśnych Oddziału Krakowskiego PAN, przewodniczący Oddziału Krakowskiego Polskiego Towarzystwa Biochemicznego.