Był przydzielony do 20 pułku ułanów im. Króla Jana III Sobieskiego. Po wybuchu II wojny światowej i agresji ZSRR na Polskę został aresztowany przez Sowietów. Był przetrzymywany w obozie w Kozielsku. Jego obecność w obozie przekazał we wspomnieniach inny przetrzymywany, jego przyjaciel szkolny z jednego rocznika, późniejszy ksiądz i kapelan rodzin katyńskich Zdzisław Peszkowski, który potwierdził, że w kwietniu 1940 Juliusz Bakoń w jednym z pierwszych transportów został zabrany do Katynia. Tam został rozstrzelany przez funkcjonariuszy Obwodowego Zarządu NKWD w Smoleńsku oraz pracowników NKWD przybyłych z Moskwy na mocy decyzji Biura Politycznego KC WKP(b) z 5 marca 1940. Jest pochowany na Polskim Cmentarzu Wojennym w Katyniu, gdzie w 1943 jego ciało zostało zidentyfikowane w toku ekshumacji prowadzonych przez Niemców pod numerem 1895 (przy zwłokach zostały odnalezione karta z książeczką wojskową, pocztówki, w tym nadesłana przez Michała Bakonia, zam. przy ul. Kościuszki 5 w Sanoku).