Członkowie honorowi mają wszystkie prawa członków zwyczajnych, poza biernym prawem wyborczym (jeżeli nie są członkami zwyczajnymi). Nie są zobowiązani do opłacania składek.
Struktura organizacyjna Zgodnie ze statutem członkowie PTO działają w ramach oddziałów, sekcji (grupujących nie mniej niż 50 członków zainteresowanych określoną dziedziną okulistyki) oraz komisji. Najwyższą władzą Towarzystwa jest Walne Zgromadzenie Delegatów (zwyczajne lub nadzwyczajne), w którym uczestniczą delegaci oddziałów (wybierani zgodnie z regulaminem ustalonym przez Zarząd Główny) oraz członkowie honorowi. Zgromadzenia zwołuje Zarząd Główny, w którego skład wchodzą: prezes, wiceprezes, prezes-elekt, sekretarz, skarbnik i 7 członków. Zarząd – wybierany przez Walne Zgromadzenie Delegatów na kadencje 4-letnie – kieruje realizacją programów działania, ustalonych w czasie Zgromadzenia (m.in. organizuje Zjazdy Okulistów Polskich, deleguje członków PTO do krajowych i międzynarodowych organizacji okulistycznych, zarządza majątkiem i funduszami Towarzystwa).