Wyrok na Stefanie Chojnackim został wykonany poprzez ścięcie gilotyną 20 marca 1942 o godz. 5:48 w więzieniu Plötzenzee k. Berlina. Jego symboliczny grób znajduje się na cmentarzu Jeżyckim w PoznaniuJeżyce - miejscu pochówku bohatera grozi likwidacja. [dostęp: 21 VI 2017 r.] (kwatera L, rząd 44, miejsce 28).
Listy Ostatniej nocy przed egzekucją Stefan Chojnacki napisał cztery listy do swojej rodziny. Adresatami wiadomości były siostry Władysława i Monika, rodzice oraz narzeczona Wiktoria. Listy ukazują Chojnackiego jako człowieka, który postrzegał śmierć jako naturalną konsekwencję obranej drogi konspiratora, zgodnie z przyjętym mottem „Słodko i zaszczytnie jest umrzeć za ojczyznę”. Dla Chojnackiego do czasu uwięzienia najważniejsza była działalność polityczna i konspiracyjna dla dobra państwa. Jednak gdy życie się kończyło, skazany koncentrował się na dwóch relacjach, które miały dla niego ogromne znaczenie i na które miał jeszcze wpływ – na relacji z bliskimi ludźmi i Bogiem. Był głęboko przekonany o istnieniu życia po śmierci. Listy zostały opublikowane w artykule Ludwiki Majewskiej „Noc przed egzekucją.