Posługiwał się także pseudonimem Wiktor Frysiak, które nawiązywało do imienia i nazwiska jego narzeczonej – Wiktorii Frysiak. Był członkiem Straży Obywatelskiej w Poznaniu oraz współorganizatorem Narodowej Organizacji Bojowej. Rozbudowywał struktury organizacyjne, prowadził przygotowania do zbrojnego powstania oraz nadzorował działalność wywiadowczą. Wraz z innymi działaczami Zarządu Okręgowego SN 11 grudnia 1940 został aresztowanyK. Komorowski, Polityka i walka. Konspiracja zbrojna ruchu narodowego 1939–1945, Oficyna Wydawnicza Rytm, s. 206 przez Gestapo. Był więziony w celi nr 64 Fortu VII w Poznaniu, we Wronkach oraz w Plötzenzee k. Berlina. 17–18 grudnia 1941 w budynku Sądu Krajowego w Poznaniu odbyła się specjalna rozprawa. Drugi Senat Karny Trybunału Ludowego w Berlinie (Volksgerichtshof Berlin) na sesji wyjazdowej w Poznaniu na podstawie § 15 ust. 1 rozporządzenia o wprowadzeniu niemieckiego prawa karnego na przyłączonych terenach wschodnich skazał Chojnackiego na karę śmierci oraz pozbawienie praw obywatelskich. Taki sam wyrok usłyszało ośmiu współpracowników Chojnackiego z organizacji: Antoni Wolniewicz, Stefan Piotrowski, Józefat Sikorski, Bolesław Koteras, Jerzy Kurpisz, Józef Przybyła, Mścisław Frankowski oraz Władysław Grządzielski. Chojnacki był dodatkowo oskarżony o użycie broni.