Pod koniec 1942 roku Legion Estoński składał się pięciu kompanii piechoty i jednej kompanii broni ciężkiej.

W marcu 1943 roku jeden z batalion – Estnisches SS-Freiwilligen Bataillon Narva – wydzielono z 1 Ochotniczego Pułku Grenadierów SS i zastąpiono nim rozwiązany batalion fiński pułku Nordland w 5 Dywizji Pancernej SS „Wiking”.

Niedobory siły ludzkiej w estońskich jednostkach spowodowały, że w marcu 1943 roku władze niemieckie zdecydowały się na wprowadzenie częściowego poboru do wojska. Łącznie powołano około 12 000 Estończyków, z których około 5300 wysłano do Legionu, co zaowocowało jego rozbudową na szczebel dwupułkowej brygady. W ten sposób w maju 1943 roku powstała Estońska Ochotnicza Brygada SS. Pozostali estońscy poborowi trafili do różnych jednostek armii niemieckiej. W związku ze zmianami 1. ochotniczy pułk SS otrzymał nową nazwę – 45. ochotniczy pułk SS. Sformowano także nowy batalion tzn. 53. batalion artylerii. W lipcu 1943 roku 657. kompania estońska i 660. ochotniczy batalion estoński posłużyły w sformowaniu 46. ochotniczego pułku SS, czyli drugiego pułku brygady.