W 1997 roku w jednostce tej uruchomiono samodzielne studia filozoficzne o specjalności nauczycielskiej na poziomie licencjackim. W 1998 roku Pracownia Logiki, Metodologii i Filozofii Nauki została odrębnym zakładem. Na przełomie 1999/2000 roku siedziba instytutu została przeniesiona do wynajętych od Fabryki Maszyn Rolniczych "FAMAROL" pomieszczeń przy ulicy Przemysłowej 100. Tam też borykający się z problemami kadrowymi instytut został zdegradowany do rangi katedryUchwała Senatu Wyższej Szkoły Pedagogicznej w Słupsku z dnia 25 maja 2000 r..
W pierwszym roku działalności katedry doszło do połączenia dotychczasowych zakładów etyki oraz historii i fenomenologii religii w jeden Zakład Etyki i Fenomenologii Religii, a potrzeby dydaktyczne spowodowały powstanie nowego Zakładu Filozofii Wychowania. Po przejęciu przez uczelnię budynku koszarowego przy ul. Westerplatte 64 w 2001 roku Katedra Filozofii została jego pierwszym gospodarzem. Już w nowym obiekcie została przeprowadzona reorganizacja procesu dydaktycznego na studiach filozoficznych. Uruchomiono wówczas trzy specjalności nauczania: ogólnofilozoficzną, etyki i religioznawstwa oraz filozofii kultury, komunikacji i mediacji społecznych. W 2005 roku katedra została ponownie przeniesiona, tym razem do budynku znajdującym się przy ulicy Bauera 14.